ИФНС может отказать в возмещении НДС (полностью или частично), если по итогам камеральной или выездной проверки выявит занижение исчисленного налога или неправомерное применение налоговых вычетов (ст. ст. 88, 89, п. 1 ст. 171, п. 1 ст. 173 НК РФ).
Наиболее часто в возмещении НДС отказывают из-за признания вычетов неправомерными. Это возможно, например, в следующих ситуациях:
Перечень возможных оснований признания вычета неправомерным не является исчерпывающим. Конкретные основания, по которым ИФНС отказала в возмещении, будут указаны в решении о привлечении (отказе в привлечении) к ответственности, принимаемом по итогам налоговой проверки (п. 7 ст. 101 НК РФ). Одновременно ИФНС выносит решение об отказе (полностью или частично) в возмещении НДС (п. 3 ст. 176 НК РФ).
Если организация не согласна с вынесенными решениями, то она вправе обжаловать их в Управлении ФНС, а затем уже в суде:
Поскольку решение по вопросу о возмещении НДС неразрывно связано с решением о привлечении (об отказе в привлечении) налогоплательщика к ответственности за совершение налогового правонарушения, судам необходимо исходить из того, что названные решения не могут исследоваться и трактоваться в отрыве друг от друга, в том числе при их обжаловании (см. Постановление Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации").
Полезный шаблон: